La Fondazione ha sede negli spazi del terzo e quarto piano del Palazzo della Bonificazione Pontina, ove si trovano, oltre alla Sala conferenze, l’Archivio storico comunale, la Biblioteca storica e i Laboratori didattici.
Il Palazzo della Bonificazione Pontina, il cui corpo di fabbrica originario è stato costruito negli anni immediatamente successivi all’avvio della bonifica Piana, ha assunto l’attuale configurazione verso la metà dell’Ottocento, dopo aver incorporato il palazzo De Vecchis ed aver così ampliato in modo significativo la sua dimensione. L’edificio si presenta ora come una unità di grande impatto architettonico per l’evidenza della sua mole, che si apprezza da almeno tre dei suoi quattro lati, e per la sua altezza, che dal piano terra al quarto si sviluppa su cinque livelli.
Esso è stato destinato fin dalla sua origine a sede degli uffici, tecnici e amministrativi, dell’azienda che dirigeva i lavori di bonifica e delle connesse opere di trasformazione urbana, azienda divenuta infine Consorzio della bonificazione pontina. L’originaria destinazione del Palazzo e le successive “addizioni” all’edificio spiegano a sufficienza sia la mancanza di grandi saloni di rappresentanza che la sua complessa articolazione interna, conseguenza del raccordo tra i diversi corpi di fabbrica che vennero a comporre l’edificio.
Oggi il Palazzo ospita, dal piano terra al secondo piano, il Museo della Città, gestito da Coopculture, la Sala conferenze “F. Abbate”, posta al terzo piano e gestita dal Comune, e gli spazi della Fondazione del terzo e quarto piano.