La denominazione di “Piccolo Tempio” è stata attribuita ai resti di una costruzione che potrebbe essere stata adibita al culto ma della cui funzione effettiva sappiamo ben poco.

L’edificio era di forma rettangolare ed in parte tagliato nella roccia.
Il basamento su cui poggiavano gli edifici originari ripropone, in dimensioni minori, lo schema architettonico del Criptoportico: nove grandi arcate (ne sopravvivono cinque) messe in collegamento fra loro da una serie di piccole porte ad arco.

All’interno degli ambienti a volta si conservano sulle pareti tracce di affreschi. Risalgono al IX secolo quando, tra le rovine antiche, sorse il monastero benedettino intitolato a S. Michele Arcangelo. All’interno di uno degli ambienti del monastero si è conservato un pavimento a mosaico tutt’oggi visibile.